大多的工作流程厂商都会给您这两种模式。其实还是用一套程序实现。
   他们以 ccflow 来说明这两种模式。

独立式:

    独立于其它的系统之外,完全为企业或者单位 xxxx业务流程管理系统 或者xxx流程系统. 一个数据库, 一套组织机构\用户名密码\用户权限管理模块\与对应的维护系统.一个登陆窗口.

    流程开发完全由业务人员完成，因为不与其它系统耦合，所以业务逻辑简单，查询\分析\报表定义完全由工作流程引擎定义完成。
    企业单位内部的考核完全由业务人员自定义完成.
    工作流程系统前台有标准的菜单系统基本上不用修改，他们都是通用的功能。

潜入式:
    大多软件公司或才IT部门购买工作流引擎采用这样的方式。因为他们需要与现有的系统结合。
    驰骋工作流程系统在实施过程中采用独立数据库处理流程业务逻辑，有一套行之有效的方式.迅速的完成潜入方式.
    可共享同一套用户、岗位、部门、权限管理。
    可采用一个登录窗口登陆，安全的SID验证方式.